Un hémipénis est l'un des deux organes sexuels des mâles de l'ordre des squamates (serpents, lézards et Amphisbaenia). Les hémipénis sont gardés à l'intérieur du corps vers la base de la queue, et d'habitude ne sont sortis qu'au moment de reproduction.

L'hémipénis possède un tissus érectile similaire à celui du pénis de l'homme ou de la plupart des animaux. Chez certains grands lézards (certains varans par exemple) les hémipénis sont partiellement calcifiés.